据史记记载，“三公九卿”指的是中国古代最尊显的三个官职的合称。周代已有此词，西汉经文经学家据《尚书大传》、《礼记》等书以为三公指司马、司徒、司空，古文经学家则据《周礼》以为太傅、太师、太保为三公。西汉初承秦制辅佐皇帝治国者主要是丞相和御史大夫。另有最高军事长官太尉，但不常置。从武帝时起，因受经学影响，丞相、御史大夫和太尉也被称为三公。西汉时九卿是列卿或众卿之意。先秦文献中有三公九卿之说，但秦并没有这种制度，西汉初也不见九卿名称。汉武帝以后由于儒家复古思想的影响，人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。”
夏朝时即设三公九卿(《礼记》：“夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。”“设四辅及三公，不必备，惟其人。言使能也。”)。殷亦三公九卿。(伊尹曰：“三公调阴阳，九卿通寒暑。”)。周以太师、太傅、太保为三公(《通典·职官一》)，也有的说三公为司马、司空、司徒(《韩诗外传》曰：“三公之得者何?曰司马、司空、司徒也。司马主天，司空主土，司徒主人。)，以少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空为九卿。
秦变周法，置左右丞相，无三公官(荀悦曰：“秦本次国，命卿二人，是以置左右丞相，无三公官。”)。秦朝以丞相取代三公，天下之事皆决丞相府。又设太尉管理军事、御史大夫(掌邦国刑宪、典章之政令，以肃正朝列)，为丞相副手。
三公
丞相，政府最高行政长官，有一个秘书处十三曹，下辖九卿。
太尉，最高军政长官，负责管理全国军事事务，但他平时没有军权，战时也要听从皇帝的命令，而且要有皇帝的符节才能调动军队，军权实际上也是掌握在皇帝手里。
御史大夫，主要管理记事，其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官。御史大夫下设御史中丞，驻在皇宫;侍御史，弹劾中央和皇宫一切事;监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。
九卿
九卿是指古时中央政府的多个高级官员，指官位很高的人。秦汉时期的卿，不一定是九个人，九卿言其官职完备。
奉常，掌管宗庙礼仪，地位很高，属九卿之首;
郎中令，掌管宫殿警卫;
卫尉，掌管宫门警卫;
太仆，掌管宫廷御马和国家马政;
廷尉，掌管司法审判;
典客，掌管外交和民族事务;
宗正，掌管皇族、宗室事务;
治粟内史，掌管租税钱谷和财政收支;
少府，掌管专供皇室需用的山海池泽之税及官府手工业。