萨亦德汗是叶尔羌汗国的创建者，他是东察合台汗国东部统治者阿黑麻汗的第三个儿子。当他14岁时，他随父亲前往塔什干协助伯父马合木汗阻击月即别的昔班尼汗。东察合台汗国的军队败北，萨亦德速檀受伤，被遗弃在战场上，随后被投入监狱。一年后，昔班尼汗再次进攻费尔干，将他从监狱中释放出来，待他如己出。
萨亦德速檀跟随昔班尼汗出征喜撒儿和昏都思，随后返回撒马尔罕。他趁昔班尼汗出征花剌子模时逃回东察合台汗国，进入伯父马合木汗的政府，并供职于那里。萨亦德速檀是一位精明强干、雄才大略的人，对伯父的懒散和疏忽感到不满，离开伯父后，加入了弟弟哈里勒速檀任监治官的吉利吉思人之中。
经过4年，他的兄弟满速儿汗再次攻打他们。萨亦德速檀被战败，逃离东察合台汗国，流浪中亚，再次入狱，最终侥幸获释，潜逃至喀布尔，并受到莫卧尔帝国的创建者巴布尔大帝的厚待，因为巴布尔大帝的母亲是羽奴思汗的女儿，所以萨亦德速檀也与他是姑表兄弟关系。在这里，萨亦德速檀度过了“一生中最无忧无虑，最快活”的三年。
1510年冬,昔班尼汗在马鲁被伊朗萨法维王朝沙·亦思马因击败,死亡。朵豁剌惕部异密赛亦德·马黑府趁机赶走乌兹别克人,占领费尔干地区,向巴布尔大帝派出信使,希望得到支持。巴布尔大帝派萨亦德带领一些拥护他的蒙古异密前往。萨亦德受到当异地密的欢迎,并表示臣服。萨亦德先击退了乌兹别克速檀的进攻,又粉碎了叶尔羌统治者阿巴轧乞儿的进犯。1514年春，乌兹别克速檀又组织大规模的进攻。萨亦德考虑到费尔干地区为四战之区,经常受到几方面的侵袭,且地域狭小,粮赋难以供给一支强大的军队,不能建立一个足以控制中亚的政权。为前途计,他决定在乌兹别克大军到来之前主动撤离这一地区。1514年夏,萨亦德的队伍到达阿图什。他把家属、辎重留在这里,率领4700名战士前攻喀什噶尔,虽获小胜,但攻城不下,于是决定直取阿巴眈乞儿的首府叶尔羌。但是在进军途中一部分军官畏惧险难,企图逃离开萨亦德,军心动摇。萨亦德决定先取英吉沙尔,以稳定军心,鼓舞士气,经过五昼夜的强攻,守将投降。这时阿巴扎乞儿正在叶尔羌城外检阅新征集的军队,听说英吉沙尔陷落和喀什噶尔守将弃城逃跑,又看到这支新征集的军队素质太差,便返回城中收拾细软,命儿子贾罕杰儿留守,自己向和田方向逃跑。贾罕杰儿听说萨亦德的军队就要到,下令人人可以带走弄到手的任何财物,带不走的就烧掉,叶尔羌城又遭到一次浩劫。萨亦德的军队未受到任何阻挡就开进了叶尔羌城。他们在拉达克追上了阿巴礼乞儿,就地处死。贾罕杰儿投降,被安置在英吉沙尔,不久被人暗杀。
1514年9月3日,萨亦德在众异密的拥戴下登上汗位,定都于叶尔羌,史称叶尔羌汗国。萨亦德汗主动向满速儿汗派出使臣求和,并表示臣服。满速儿汗正怕萨亦德汗报复,接到使臣带来的书信,十分高兴。公元1516年,两兄弟在各自实际控制的领地的交界处一阿克苏和库车之间举行了会晤。这次会晤,不仅在形式上恢复了东察合台汗国的统一,而且创造了一个和平的社会环境。1517年,吉利吉思人入袭费尔干地区,抢劫居民,萨亦德汗出兵收复了这一地区。1522年,萨亦德汗领兵进入蒙古斯坦,赶走占领这一地区的吉利吉斯人和哈萨克人,派长子拉失德带领一些蒙古人驻守这里。但是不久哈萨克人又涌进这一地区,拉失德无力抵抗,退回喀什噶尔。萨亦德汗于1519年和1530年两次进攻巴达克山,将其一半领土并入叶尔羌汗国的版图。 是一位伊斯兰教徒,因此对异教徒也不断地进行所谓“圣战”。克什米尔、拉达克和西藏都遭到过他的军队的劫掠。他本人也是在进行这种“圣战”中,因高原反应,死于拉达克,时为公元1533年。
拉失德汗于公元1533年继承父位。他面临的局势同东察合台汗国的第二代君主也里牙思火者差不多,要么消灭朵豁剌惕部异密,做一个真正有实权的汗,要么做朵豁剌惕部异密的傀儡,甚至被杀而取代。但是拉失德汗与也里牙思火者汗不同,是一位经过残醋的战争锻炼、具有雄才大略的年青有为的君主。他一登上汗垃立即对朵豁剌惕部异密进行了果断而彻底的镇压。朵豁剌惕部异密家族作为中央政权的一种对立势力,是造成东察合台汗国经常政局不稳和封建混战的主要根源,被拉失德汗彻底消灭了。满速儿汗听说萨亦德汗去世,率军进攻阿克苏;拉失德汗也率军迎战。满速儿汗无功而还。满速儿汗不死心,又组织了一次进攻;拉失德汗再次率军迎战。这次满速儿汗失败;拉失德汗俘获颇多,胜利而归。 拉失德汗同乌兹别克昔班尼王朝结成同盟,然后出兵攻打哈萨克人,恢复了在蒙古斯坦中部地区的统治。以后他又出兵攻打过吐鲁番和安集延。1559年，拉失德汗外出巡视,死于和田效区。拉失德汗是叶尔羌汗国史上一位有作为的君主。在他统治时期,汗权巩固,社会安定,领土进一步扩大;蒙古部族在城市和农业地区定居下来,开始同当地居民融合。
拉失德汗死后,长子早亡,次子阿卜都哈林继位。七子虎来失(和田总督)反叛,以后进入吐鲁番地区。阿卜都哈林汗兄弟马黑麻(阿克苏总督)、琐非(喀什噶尔总督)、阿卜撒因(新任和田总督)前往镇压。虎来失战败,被流放到印度。吐鲁番和哈密地区进入叶尔羌汗国的版图。自东察合台汗国中期以来,天山以南分为东西两部的局面结束,统一的政权出现了。它有利于经济文化的发展和交流,有利于近代维吾尔族的形成,这是一种历史的进步。 阿卜都哈林汗死于1592年,弟马黑麻继位，他对待平民比较宽厚,压制高利贷者,注意发展经济。他在任吐鲁番总督时就向明朝派遣过使臣,登上汗位后再次向明朝派出使臣。叶尔羌汗国同明朝保持着密切的贸易关系,他们视之为“金路”,一旦谁妨碍其扬通,就会遭到汗国的普遍反对。在马黑麻汗统治时期叶尔羌汗国达到了鼎盛阶段。马黑麻汗死后,儿子阿黑麻续位。吉利吉思人听说马黑麻汗去世,出兵攻打阿克苏。阿黑麻调遣军队击退了吉利吉思人的进攻,但是并未沏底打败他们。从此吉利吉思人成为叶尔羌汗国的严重威胁。同时汗国内部也不稳定:舍剌甫丁速檀(拉失德汗之孙、羽奴思速檀之子)在一些异密的拥护下,在喀什噶巴称汗。阿黑麻派出大军才把叛立者镇压下去。吐鲁番总督阿卜剌因(拉失德汗之幼子)在实际途制了察力失以后,向阿克苏进军。阿黑麻汗亲自率军迎战,才遏制住他的势力向西继续发展。但是,从此以后阿卜剌因也自称为汗,其子一直统治着汗国的东部地区。不久,连阿黑麻汗自己的女婿、阿克苏总督伊思坎达尔也叛立,叶尔羌汗王朝费了很大的力量才慎压下去。但就是在这种局势下,耽于游乐的阿黑麻汗还经常外出狩猎。
1619年,阿黑麻汗在巴楚围猎时被叛乱的异密杀死。叛军拥立忽剌亦思(拉失德汗之孙、羽奴思速檀之子)为汗,占据了叶尔羌。喀什噶尔的异密们拥立阿黑麻汗的次子阿卜都拉提甫为汗,并向叶尔羌进军,经过激战消灭了叛军。在这一系列的封建割据混战和争夺汗位斗争中,交战各方都是力争境外势力(如吉利吉思、哈萨克或瓦剌)和境内和卓家族势力的支持;而境外势力和和卓家族也通过交战各方扩大自己在汗国的影响,以至把他们变为自己的傀儡。 阿卜都拉提甫汗统治期间,吉利吉思是最大的外患,曾进犯过汗国。阿卜都拉提甫汗名义上是汗国的最高统治者,但实际统治地区仅东起库车,西到与巴达克山交界的地方。阿卜达拉赫汗统治时期,瓦剌势力进一步发展,多次入袭叶尔羌汗国,前锋直达和田。库车也在瓦剌的策动下公开叛立,阿卜达拉赫亲自率领军队去镇压了这次叛乱。接着他又乘胜出兵博洛尔和巴达赫山,经过三个月的征战,降服了这两个地区,使它们重入叶尔羌汗国的版图。在阿卜达拉赫汗统治湖间,中原地区发生了巨大的政治变动:满族建立的清朝取代了汉族建立的明朝。1656年通过吐鲁番向清朝遣使“进议’。顺治皇帝“敕谕”,“劳赐”。于是叶尔羌汗国同清朝开始了政治经济往来。 尤勒巴尔斯要求父亲给予更大的权力,父子开始不和。实质上这是喀什噶尔的白山派和卓要求控制中央政权的黑山派和卓让出更多的权力。白山派和卓极力向叶尔羌的统治集团渗透,这引起阿卜达拉赫汗的不安、猜忌、残杀。结果人心惶惶,许多异密转移到他儿子方面。在众叛亲离的情况下,公元1667年阿卜达拉赫汗只好以“最体面”的方式放弃汗位一去阿拉伯朝圣。
当阿卜达拉赫汗放弃汗位出走的同时,黑山派和卓穆罕默德·阿卜达拉赫(和卓沙迪之子)率领全体生徒和大部分异密也离开叶尔羌前往阿克苏。阿克苏的异密同这一集团联合,随后,和田的异密也加入进来。为名正言顺,他们派人去瓦剌首领阿勒坦台吉那里要来伊斯梅尔(阿卜剌因汗之子,阿卜达拉赫汗之弟),宣布为汗,并决定向叶尔羌进军。阿勒坦台吉也派瓦剌军队来支援。双方在离叶尔羌城不远的地方澎遇,展开激战。尤勒巴尔斯战败,抢先退进城中。伊斯梅尔围攻不下,退回阿克苏。 1678年,尤勒巴尔斯在白山派和卓支持下登上汗位。他们对跟随黑山派和卓去阿克苏的生徒和异密的家属大肆杀戮,并派出军队进攻阿克苏。
1670年4月2日伊斯梅尔汗和黑山派和卓穆罕默德·阿卜达拉赫一起进入叶尔羌城。伊斯梅尔举行传统的登基仪式,宣布为全国的君主。他派和卓叶尔和异密基亚斯伯克去喀什噶尔,他们在那里处死尤勒巴尔斯汗的儿子们,对白山派进行了血腥的镇压。 白山派首领阿帕克和卓逃出喀什噶尔,潜入克什米尔,从这里又进入西藏。他晋见了达赖喇嘛五世,博得了这位佛教首领的欢心,遂派他携带书信去见准噶尔的浑台吉噶尔丹。公元1680年,噶尔丹派出12万瓦剌骑兵,翻越天山,经阿克苏、乌什、喀什噶尔,到达叶尔羌。噶尔丹的军队,在白山派和卓生徒的全力配合下,经过激烈的战斗,攻下了叶尔羌城。守将伊瓦兹伯克战死,伊斯梅尔汗及汗室成员被俘,送往伊犁。在此前,吐鲁番地区已被瓦剌占领。至此,整个叶尔羌汗国灭亡,天山以南的广大地区进入准噶尔汗国的版图。