根据《清实录》记载，八旗圈占北京城区房屋的情况在顺治元年六月十日(1644年7月13日)的记录中有所提及。其中一条指出：“摄政和硕睿亲王谕：京城内官民房屋被圈者，皆免三年赋税。其中有与被圈房屋之人同居者，亦免一年”。这说明，清军进入北京仅有五周的时间，圈占城区民房的行为便已开始。
同年十月，顺治在定鼎北京的即位诏书中，专门将“京都兵民分城居住”列为“合行条例”之一。这是清政府第一次明确提出“满、汉分城居住”，并申明是“原取两便，实不得已”。此外，还规定了具体的政策，即“其东、中、西三城官民已经迁徙者，所有田地应纳租赋，不拘坐落何处，概准蠲免三年，以顺治三年(1646)十二月终为止。其南、北二城虽未迁徙而房屋被人分居者，所有田地应纳租赋，不拘坐落何外，准免一年，以顺治元年(1644)十二月终为止”。从此诏书中可知，分城居住起初是由东、中、西三城开始的。其时，内城中的北城汉族居民尚未迁徙。满族统治者为了安排八旗的住处，强行圈占民房，使汉族居民陷入流离失所的困境。尽管清廷有蠲免租税的政策，不过是杯水车薪，实难补偿迁居汉民蒙受的巨大损失。
在“首崇满洲”的政策下，未迁徙的汉人与八旗的矛盾也在日渐激化。 顺治三年(1646)二月，清廷把“京城内盗贼”的出现，归因于“汉人杂处旗下”’严格规定“嗣后投充满洲者，听随本主居住;未经投充，不得留居旗下”。顺治五年(1648年)时，城内满、汉居民之间的关系更加紧张，“争端日起，劫杀抢夺，而满、汉人等彼此推诿，竟无已时”。面对这种形势，清廷认为：“迁移虽劳一时，然满、汉各安，不相扰害，实为永便”，于同年八月十九日（1648年10月5日），最终颁布了“凡汉官及商民人等尽徙南城”的谕令。
这次迁移居民包括所有尚在内城居住的汉人，不论官、民、商贾;唯有“八旗投充汉人”、“寺院庙宇中居住僧道”，以及“看守仓库”且在衙门内住的书办吏役，方为例外。换言之，京师内城不允许有汉人民宅。 清廷还规定了具体的迁徙办法，即：其原房或拆去另盖，或贸卖取价，各从其便。由户、工二部“详察房屋间数，每间给银四两”，“令各亲身赴户部衙门，当堂领取”。“定限来岁岁终搬尽”。同年十月，清廷又做了些补充规定，除“原房听其折卖”和“按房领给银两”外，“有地土者，准免赋税一年;无地土者，准免丁银一年”。迁出内城的汉人，由工部同五城御史查南城(即正阳门外的外城)官地并民间空地，给予营造房间。
美国学者魏斐德先生在《洪业——清朝开国史》中认为满清统治者实行分城居住政策，还有惧怕天花的原因。书中这样描述：汉人被从这一区域（内城）赶了出去，被迫到城南寻找居所。由于1644年天花的传染率特别高，由于满人相信只要与汉人接触就会染上这种疾病，许多汉人被赶到农村去了，过上了长期的隔离生活。尽管京师的一些富裕粮商捐谷接济难民，但这种大规模的种族迁居，仍然引起了极大的困难与怨恨。
清廷关于旗、民分城居住的政策，使清代北京的城市格局和社区分布截然不同于此前历代，对京师的政治、经济、文化生活都产生了重大影响。
这项分离居住的政策不止在北京实行，《洪业——清朝开国史》一书中，有这样的论述：总共有34个“鞑子城”在中国北部建立起来了。它们是分立的，有高墙环卫的营防，或处于原有的城墙之内，或处于其外而与之并峙。并且，建立这种营防的最初后果，是激起了本来想利用它加以镇压的动乱。书中评论这项政策：在许多人看来是专制暴行的种族分隔法令，在多尔衮看来确实恢复北京的安定和睦的最合乎逻辑的措施。