公元1368年初，明朝正式建立，中国古代历史进入了新的阶段。同年8月，明军一举攻克大都，元顺帝带领元朝残余势力慌忙北逃。元朝在中原的统治也随之土崩瓦解。然而，尽管元朝北撤后，明朝没有能够彻底将其击溃。相反，元朝残部在随后两百多年的历史中与明朝分庭抗礼，展开对峙，并且爆发了多次战争。
元朝残部与明朝分庭抗礼
在元朝朝廷退守漠北后，依然以“元”为国号，历史上称为“北元”，但是明朝不承认其与元朝的继承性。在明朝军队攻占大都的当年(1368年)冬天，元朝皇帝就派出军队试图将其夺回，但是被明朝将领徐达击溃，损兵折将数万，不得不撤退。第二年又发动了数次进攻，也全部被明军击退。元朝残余势力屡次南下进攻，力图恢复元朝在全国统治的军事行动让明朝深感不安。为了消除这一威胁，明军先后发动了数次进攻。1371年，明朝派出15万兵力向北元发动进攻，但是被元军击退，损失了数万人。随后明朝又对其发动了多次进攻，皆以失败告终，没能击垮元朝残部,随后不得不与其展开对峙。所以严格来说上中国历史在整个明朝时期是处于分裂状态的。
北元贵族
明朝数次军事行动虽然没有打垮元朝残余势力，然而却造成了北元的分裂，北元在明朝中期分裂为数个部分。但是由于明朝中后期政治腐败，国力下降，所以分裂的北元朝残部对大明王朝的威胁程度不降反升。明正统十四年，明朝皇帝英宗亲征北元，但是号称四十万的明军被瓦剌大军全歼，关键是皇帝被俘，几乎打掉了明朝半条命，是明朝由盛转衰的重要节点。随后其军队甚至打到了北京城下，还好被明朝军队击退。
土木堡之变后瓦剌打到北京城下
明朝后期后金崛起，后金对分裂的北元各部发动了数次进攻，其中一部分归附后金。后金改国号为清后，皇太极于1632年亲率数万大军西征，经过两年激战，彻底消灭了北元残余部落。至此从宋末建立起的元朝才被彻底消灭。