洪武三十一年（公元1398年），明朝开国皇帝朱元璋去世，享年71岁。奇怪的是，在出殡当日，应天府（今南京）十三个城门同时打开，十三队皇家车马同时出城。继而就有传言说，朱元璋晚年偏好诛杀，死在其手上的无辜之人高达十万余人。据说，由于害怕自己被人盗墓，他在生命的最后关头下了这样一道密旨。
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因此后世常常怀疑朱元璋是否真的葬在孝陵里面。有传言称朱元璋葬在皇城万岁殿下，也有人说葬在城西朝天宫三清殿下。但这些毕竟只是传说，与三国时曹操的72座疑冢一样，如今很难加以证实。不过从1997年起，历史学家及考古工作者利用精密磁测等手段对明孝陵开展长达6年的勘探和研究，最终取得了一定成果。
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历史学家认为，朱元璋的尸骸极可能被安葬在明孝陵，因为这不但是朱元璋花了数十年心血、耗费大量人力物力所修建而成的万年之地，更是其一生挚爱马皇后的安眠之所。更令专家们欣喜不已的是，明孝陵虽历经600余年风雨，但其规模宏大的地宫并未遭到破坏。历史专家介绍称这是由明孝陵特殊防盗措施、地理位置等原因而共同决定的。
首先，明孝陵在设计之初就没有采用常见的墓道样式，而是故意将墓道弄的弯弯曲曲，很难弄清楚真正的墓道方向。即使有盗墓贼侥幸进入地宫，这种反常规的设计也会让其无功而返。其次，明孝陵高高的封土堆下面还铺有一层厚厚的鹅卵石，当盗墓贼打开盗洞时，圆润的鹅卵石就会从宝顶倾泻而下，将盗墓贼与洞穴一同掩埋。
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最后，历史学家还发现明孝陵并不是从上而下建造的，而是横向凿入山体，在其内部掏出地宫。此方法虽说工程量巨大，但却十分保险。加上坚硬的岩体也有效阻止了盗墓贼从山顶打盗洞，因而使墓道成为进入地宫的唯一通道。虽说这些防护都不能抵挡现代炸药，但由于明孝陵离南京城近在咫尺，民国时期的孙殿英等人因害怕引起南京市民警觉，故不敢对其下手。一切因缘巧合最终造就了如今的明孝陵，不得不令人感慨万分。