故事得从远古时代讲起。那时候，地球上出现了最早的生物，猿猴。随着地理变迁，一部分猿猴留在了陆地，一部分猿猴住进了水里。慢慢地住进水里的猿猴双脚蜕化变成了鱼尾。人与鱼类一直和平共处，直到六百年前。这一时期，人类文明得以快速发展，尤其是航海业逐渐兴起。
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在遥远的东方有一个文明古国，国家出现了一个人。生于1371年的三宝。1381年，三宝因为战争被阉变成太监，被送至朱棣的燕王府。随后，屡立战功深受燕王赏识。1404年燕王登基，史称明成祖。而三宝被赐名郑和，受皇帝之命造船航海，下西洋以扬国威。1405年三宝率领两万余名官兵出航，先后到达各国。在途径印度洋西海岸古里海域时，撞见了一名海盗头领，陈祖义。
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是时只见陈祖义众人正在疯狂捕杀海中鱼类，三宝见状立即率领舰船靠前。等到靠近时才发现，海盗们捕杀的不是一般鱼类，而是上身为人下身为鱼的生物。三宝没有想太多，立即向敌船开炮，双方战斗数个时辰，终于擒获陈祖义。随后搜查盗贼船只时，发现船舱全是半人半鱼的生物，或死或伤。追问下才得知陈祖义名为海盗，实为追踪捕杀海洋的美人鱼，以提炼药物延长寿命。三宝生性善良耿直，毅然放走了所有的人鱼，人鱼也央求三宝不要对外界透露他们的存在。
1407年三宝回国，陈祖义被皇帝下诏砍头，不料临刑前对皇帝说海上有鱼，上身为人，得之可长生不老，我愿意前往替...话声未完，三宝手起刀落，皇上，切勿听信小人之言。皇帝一言未发，走了。十几天后，三宝又一次受命二下西洋。临行前，皇帝对三宝委婉表达了寻找人鱼之事，三宝愁云满面的点了头。1409年，在外佯装围捕人鱼两年后，三宝回国，称未找到人鱼。同年十月，三宝第三次受命下西洋，随行的还有皇帝主要谋士姚广孝。
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皇帝之意三宝心知肚明。船队出发，行至印度海域时，姚广孝终于发现人鱼踪迹。面对坚船利炮，纵使人鱼本领通天，终究输给了冷兵器。人鱼悉数落入姚广孝之手，就在启程回国之时，三宝偷偷告诉姚广孝，人鱼知道佛牙的下落。佛牙指的就是释迦牟尼佛未烧尽的遗骨残片的牙齿，也就是舍利。对一个僧人来说，世间恐怕难有比这更为贵重的东西了。为得佛牙，姚广孝决定依靠人鱼之力。人鱼一族遂听从三宝的建议，带领船队到达印度洋海域的狮子国(今天的斯里兰卡)，在那里取得佛牙。姚广孝想捉拿人鱼回国交差，却被三宝及时劝阻。
在之后的几次下海之后，皇帝并无所获，便下令停止出海的计划。三宝最后一次出海前说如果自己以身殉国，还望善待其家人，不料真的再也没回来。消息传回国后，皇帝厚待其家人。并下令翻阅查看七下西洋的航海记录，以期找到人鱼线索。不料三宝航海资料凭空消失，加之朝中再无卓越航海家，皇帝遂作罢。而在遥远的印度洋某个角落，三宝继续将毕生所知教给人鱼一族，以保族类平安。