政治
张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出了“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员。
在张居正看来，“致理之道，莫急于安民生;安民之要，惟在核吏治。”他首先从“尊主权、课吏职、信赏罚、一号令”入手，大刀阔斧地进行政治改革。
“尊主权”、“一号令”的关键在于克治明朝权力机构运行不畅的痼疾。明初洪武年间，废中书省，不设丞相，由皇帝直接掌管六部。虽然后来内阁首辅权势渐重，但六部和负责稽察六部的六科均绕过内阁直接向皇帝负责。而皇帝处理政务则倚重宦官，由司礼监掌理章奏文书，甚至代皇帝朱笔批红。明中后期诸帝多“帘远高堂，君门万里”，尤其嘉靖后期，“政务偷玩，事无统纪”，朝廷诏旨被视为故纸，来往公文多至沉埋，统治机构几乎陷入瘫痪。
针对这种机构窒碍不通的积弊，张居正力主“天下之本在政府”，开始大力强化内阁事权，由内阁通过六科、都察院控制六部，而各省抚按则听命于六部，最终从中央到地方各级机构都受内阁节制，从而加强中央集权，使内阁成为推行变法的中枢。为排除宦官干政，他告诫冯保“裁抑其党，毋与六部事”，从组织机构上保证事权归一，政令畅通。
为了破除无所事事、坐啸画诺、命令不行的官场沉疴，张居正于万历元年创设颁行考成法以责吏治，即由各部衙制定一式三份收发文簿，分别留部作底本，送六科备注，交内阁查考，据其道途远近、事情缓急，“定程限，立文簿，月终注销。抚按稽迟者，部院举之;部院容隐欺蔽者，六科举之;六科不觉察，则阁臣举之。月有考，岁有稽”，据此“考其勤惰”，决定赏罚升降。此法一行，立见成效。
张居正的政治改革，通过整顿机构形成高度集权而又层叠有序的行政系统，并建立起相应的稽察问责机制，确保官僚机器高效运行，在一些重要的方面已初具现代社会行政体制的特点。如傅维麟《明书》所赞扬的，虽“万里之外，朝下而夕奉行，如疾雷迅风，无所不披靡”。
经济
经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。
以前，明王朝的赋税以粮为主，银绢为辅，分夏秋两季征收。除赋税外，农闲之际，农民还要服各种徭役。一条鞭法是将赋税和徭役合计折算为银两，以亩为单位缴纳。相对于以前，一条鞭法不仅大大简化了征收手续，而且使得没有土地的工商业者可以解除赋税和劳役负担，从而促进了工商业的发展，更重要的是使得占有大量土地的地方豪强难以作弊，乖乖地按照田亩数纳税。通过一条鞭法，政府的财政收入明显好转，国库储备的银两可供五、六年之用![5]
洪武年间，全国耕种田地有八百五十万零七千六百卅二顷。到了弘治十五年(1502年)降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。
军事
军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，实行“剿抚并用，以抚为主”的政策。委任名将戚继光和李成梁分别镇守西北和东北边疆，使得“胡马”一度不敢“度阴山”达30年之久!更重要的是在边境进行茶马互市贸易，使得少数民族政权可以通过贸易换取中原的茶盐等必需品，边境的和平得到了进一步的保障。